警部補 矢部謙三

『碧き予言者』を名乗る窃盗犯が、女性オーナー・大道寺文乃（秋本奈緒美）が経営する宝石店に忍び込み、6000万円相当のダイヤを持ち去った。犯人は謎めいた犯行予告を送りつけていたが、警察はそれをいたずらだと判断し、捜査に手をつけてなかったため世間から批判が集まっていた。一方、都内ホテルでは、新しい警視総監・御手洗（大和田伸也）の就任式が行われていた。矢部（生瀬勝久）と秋葉（池田鉄洋）は、その警備に駆り出されていたが、任務などそっちのけで相変わらずのお気楽ぶり。そんな中、矢部はひょんなことからパーティーに来ていた総監の娘・未来（畠山彩奈）と知り合う。未来は、全国小学生統一試験で２年連続１位を取るほどの才媛で、総監宛てに届けられた新たな犯行予告の謎を、矢部の前で鮮やかに解いてみせる。

警視総監（大和田伸也）宛てにウイルステロを予告する脅迫状が送られてきた。犯人によると、２日のうちに指定口座に10億円を振り込まなければ、新たに開発した強力な殺人ウイルスで無差別テロを実行するという。インターポールから派遣されてきた捜査官・エリカ（音月桂）の情報では、犯人は世界中のテロ組織と繋がりを持つ科学者・新島ピエールの可能性が高いらしい。

財界の重要人物が、相次いで不審な事故死を遂げる不可解な事件が発生。死亡した３人は死亡当時、いずれも銀座のクラブを経営する山川一子（井上和香）という女性と婚約していて、警察では財産目当ての一子が、事故に見せかけて殺したのではないかと疑惑の目を向けていた。調べると、一子は有名大学の心理学科出身で、一時期はアメリカに留学して精神分析学を学んでいたと分かる。

外科医の暮松（齋賀正和）が、研修先のアトランタの病院で殺害された。ＦＢＩの情報では、殺害に使われた凶器や手口から、コヨーテと呼ばれる世界的に有名な暗殺者の犯行の可能性が高いという。また、誰にでも変装できると言われるコヨーテが、暮松に化けて日本に潜入したとの情報ももたらされ、警視庁が行方を追ったところ、コヨーテが借りたと思われるレンタカーを山間部で発見。付近にある温泉宿で、暮松の恩師である片桐教授（岡本富士太）の勇退を祝う集いが開かれることから、コヨーテの次のターゲットは、その会の参加者と考えられた。

親日家として知られる小国の王子・ゾーケン（生瀬勝久・２役）が来日中、何者かに銃撃される事件が発生。矢部（生瀬）が警備に駆り出されることになる。それを知った未来（畠山彩奈）は、父である警視総監・御手洗（大和田伸也）の弱点を教える代わりに、自分も王子のパーティーに連れて行ってほしいとせがむ。

“闇の警視総監”を名乗る人物による連続殺人事件が発生。犯行声明には「不甲斐ない警察に代わり、この世から排除すべき人間を抹殺した」などと書かれていて、被害者はいずれも疑惑を持たれながら罰を逃れたグレーな存在だった。そのため、ネットでは闇の警視総監を支持するファンサイトまで作られ、そこに裁いてほしい人間が大量に書き込まれるという事態にまで発展していた。

政財界に人脈を持つ大富豪、綾小路グループ総裁の秀麻呂（浜田晃）が、老衰を前に御手洗総監（大和田伸也）を呼び出した。秀麻呂は、20年前に御手洗が捜査を担当し、事故死と結論づけた娘・美鈴（富田理生）の変死事件を再捜査してほしいという。実力者の要望を無視する訳にはいかない総監だったが、それでも保身のために事件をうやむやにしようと画策。怠慢な矢部（生瀬勝久）を捜査官に指名する。

小学校時代の仲間たちとタイムカプセルを開けるため、帰郷した矢部（生瀬勝久）だったが、思いがけず事件に巻き込まれる。矢部が密かに思いを寄せていた同級生の佐智子（伊藤かずえ）が、東京から来ていた再開発事業者の神田（小須田康人）殺害の容疑で逮捕されたというのだ。神田は、町の個人商店を潰して大型のショッピングモールを作る計画を強引に進めており、佐智子が営む小さな店も立ち退きの対象になっていた。そして、神田の遺体の下から、佐智子のイヤリングが見つかり、それが決定的な証拠とみなされているらしい。